出口经营主体发生根本转变
民营及合资企业成为农产品出口主力军，贸工农一体化的非国有企业成为带动行业出口增长的主导力量，龙头企业开始走上出口舞台。目前，农产品出口已从改革开放初期由少数外贸公司专营、以创汇为目的，发展到以1.8万家企业为主体、利用比较优势积极参与国际竞争的局面，据海关统计，2005年我国三资企业出口农产品达116.7亿美元，占农产品出口总额的42.9%，比2004年增长16.1%，对当年农产品出口贡献率达到39.6%。而2002年三资企业在外贸出口中的比重仅为38%。民营企业的出口也取得了长足的发展，在外贸出口中的比重从2002年的7.4%增长到2005年的24.8％，达到67.4亿美元，对当年出口贡献率达到50.6%。
出口经营模式发生变化，出口企业食品卫生安全意识明显提高，应对国外技术壁垒能力不断加强
入世以来，“公司＋基地”、“公司+基地+农户”的经营模式在农产品出口中逐步普及，出口企业质量安全意识明显提高。相当一部分农产品出口企业已拥有自己的生产基地，实现了标准化生产，并逐步建立起科学、有效的质量保障体系，突破国外技术壁垒的能力逐年提高，效果显著。部分企业实行了贸工农一体化，向“优质、高产、高效、生态、安全”的现代农业迈进。出口企业获得国际通行认证明显增长，目前全国获得有机认证企业近1000家，通过危害分析与关键控制点（HACCP）认证企业2000多家。大幅度提高农产品质量、安全、卫生水平。
出口市场多元化格局逐步形成
多年来，我国农产品出口的传统市场集中在日本、香港、欧盟、美国、韩国、东盟六大市场，尽管目前对六大市场的出口比重仍保持在80%，但入世以来对新兴市场的出口增幅远远高于传统市场。如，入世5年间，我国对巴基斯坦出口增长了464.8%，对阿联酋出口增长了225.6%，尼日利亚增长了183.5%，南非增长了136.1%，对乌克兰出口增长了772.2%，对俄罗斯出口增长了195.9％，对墨西哥出口增长了479.1％，对波多黎各出口增长了339.8%。目前，我国农产品远销230多个国家和地区。一些商品已经形成多元化的市场格局，率先打入发达国家和新兴市场：大宗粮食产品首次实现对台湾省出口，还远销到非洲、西亚等地区的市场，突破了原来以日、韩、东南亚为主的市场格局；水果对北美、欧洲、拉美出口实现新突破；中断8年后，重新恢复对中东的活畜出口。
贸易方式发生转变，加工贸易迅速增长
随着经济全球化不断发展，发达国家劳动密集型食品加工逐渐向发展中国家转移，在我国农产品出口方面也体现了这种产业的转移。入世以来，加工贸易商品范围及出口规模不断增长。2005年加工贸易出口在农产品出口总额中的比重达到21.6％，其中果蔬类产品来料加工贸易方式的出口额在农产品出口总额中所占比重由2002年的0.9%增长到2005年1.4%，水产品类的进料加工贸易方式出口额在农产品出口额中的比重由2002年的24.2%上升到2005年的27.7%。
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